一、 緣起
「史語所檔案」為本所自民國十七年創所以來之檔案文書，包含了人事、採購、公務信件、工作計劃、工作報告、會議記錄等。民國八十五年十二月中杜正勝所長決定將這批「庫存」的歷史檔案加以整理，以彰顯史語所前輩們對學術工作的努力與艱辛，及在動盪時代對真理的認知與堅持，以期重建史語所創所精神，於是「史語所檔案」於民國八十六年三月開始整編。

二、檔案資料
檔案資料分為：
(一)大陸時期檔案：
1. 民國十七至廿六年間編為「元」字檔。其中「元」字檔為檔案中份量最多的部份，編有595號，每一號下收錄一至四、五十件檔案不等，收錄了民國十七至廿六年間本所的檔案資料。十年間本所五易所址廣州、北平、上海、南京、長沙，在飄泊不定中，研究及田野工作仍卓然有成。
2. 民國廿七至卅七年間編為「昆」、「李」、「京」、「雜」、「南」字檔。「昆」字檔為雲南昆明時期文件，「李」字檔為四川南溪縣李莊時期文件，「京」字則為復員後在南京時期文件，「雜」、「南」字檔中主要為歷年工作 報告、會議記錄。此段時期正值對日抗戰及政府遷臺，為本所最艱辛時期。

(二)遷臺後檔案：
分為「楊」、「港」、「立」、「台」、「北」字檔，包含了楊梅、南港時期檔案文書，目前正積極整理中。
本所自成立以來至遷臺之間，飽經戰亂，在戰火中，如何慎選所址，如何安全輸運重要古器物、圖籍、儀器、標本，人員如何撤離及繼續維持學術研究工作等，端賴前所長傅斯年先生的高瞻遠矚、力任難鉅及各同仁的共體時艱，始能畢竟全功，讓史語所得以在戰亂中度過重重難關，並繼續精實壯大。

三、工作流程
1. 檔案編號：每檔下依原順序，依次編號。如元1-1，即為元字1號檔下第一件資料。
2. 建檔：內容包括序號（流水號）、編號（檔號）、題名、摘由、日期、數量及備註。
3. 影印：影印檔案原件，提供借閱之用。
4. 裝匣：原件如有破損，則先修裱後裝匣；打印流水號、登記編號。
5. 建立資料庫：建檔資料委由漢珍公司轉置本所中文資料庫。

傅斯年檔案
《傅斯年先生檔案》(以下簡稱《傅檔》)原係傅斯年先生遺孀俞大綵夫人珍藏，傅先生之姪、前台大教授傅樂成先生生前曾構想利用這批資料撰寫《傅斯年傳》，不幸齎志而歿。1985年1月，傅斯年先生家屬決定將這批珍貴的資料捐贈本所，本所以原員工互助會結餘基金回饋。《傅檔》自此入藏本所傅斯年圖書館，成為本所的珍藏品之一。
傅斯年先生一生的重要性是多方面的。他是「五四運動」的領導者，也是「五四」當天遊行的總指揮。他後來是「新史學」的開山人物，同時創建並領導中國現代第一個史學專業研究機構─中央研究院歷史語言研究所─達廿三年之久。此外，他也是一位廣泛參與社會事務的教育家與政治評論者。《傅檔》中保存了這方面的材料。所以，它的價值並不侷限於研究傅斯年先生個人的學行而已，它更是處理一九二○年代到一九五○年代學術、教育、社會、政治等各方面情勢的史料庫。
《傅檔》入藏本所後，即據入所原樣分別編號，原件五大箱，第一箱1716號，第二箱1011號，第三箱1518號，第四箱626號，第五箱110號。基本上一號一件，其中亦因函裝或套封裝者，故亦有一號多件者，初步估計，全部文件達5300件左右。《傅檔》涵括的資料頗為繁雜，以傅先生的遺稿、及其與各方友朋的往還書信佔最大宗，此外並包括照片、剪報、傅先生的個人用品遺件等。 《傅檔》公開以來，已經有不少學者從不同的角度利用過這批檔案。
1995年適逢傅斯年先生百歲誕辰紀念，本所、台灣大學和聯合報文教基金會聯合籌辦「傅斯年先生百齡紀念會」，並開始進行《傅檔》的整理出版工作，由王汎森先生主其事，潘光哲先生協助。
《傅檔》的整理出版工作，是一項龐大的工程。為使工作順利開展，工作小組自全面檢查《傅檔》文件為始，打散原有編號次序，依類相從，分列為《傅斯年遺文集》、《傅斯年書信集》、《傅斯年師友書信集》三個部份，開始進行分類整理、提調檔案、編號、影印、打字排版等工作。初步完成打字排版工作後，即開始進行纂輯事宜，包括分類、初步編年、排序、校對（閱）等工作，以便於研究者利用。 目前已完成《傅斯年遺札》之出版，並持續進行《傅斯年遺文集》及《傅斯年師友書信集》的纂輯工作。 (王汎森)

丁文江檔案
本館典藏的丁文江檔案，內收1926年間丁文江(1887-1936)與各方往來函、電(絕大部分為致文者)及附件，共1077件，內少部分為英文書信。本檔涵蓋時期至為集中，大部分為丁在淞滬商埠總辦任內的紀錄。主要內容包括：
一、北伐前期南北的軍事與政治（特別是孫傳芳轄下五省〔浙江、江蘇、安徽、江西、福建〕聯區；
二、五省聯區的對外關係；
三、中英庚款及中華文化教育基金會業務；
四、與地質調查所的相關事務；
五、少量個人信函。
其中數量最多的是第一類，而大致可分為四方面：
1. 南北關係及北洋派系的內部分合；
2. 北伐初期的軍事進展；
3. 五省地方意識與北洋駐軍錯綜複雜的關係；
4. 五省內政（涉及商界、學生、共產黨等）。這些文件內容豐富，披露極多過去鮮為人知的內幕訊息。以往對北伐，多從國民黨「正統史觀」的立場出發；丁檔則從另一角度知人論世，大大深化我們對這一時期政情的認識。過去吾人研究丁文江的志事與生平，因直接史料的缺乏，就史實重建來說，這一時期較其他時期實為一盲點；丁檔則正好填補言空闕。就丁檔所見，與丁氏書信交往的人物，其中不少當日學界、政界、軍界、商界，以至報界的碩彥，如梁啟超、蔡元培、徐志摩、翁文灝、蔣百里、孫傳芳、陳儀、徐新六、劉厚生和董顯光等。丁檔對當時的政治、學術、文化、中外關係及時人心態提供了極具價值的第一手資料，彌足珍貴。(何漢威)

毛子水檔案
毛子水，名準，字子水，以字行。生於1893年，浙江江山人，畢業於北京大學數學系，性喜文史，任北大歷史講師，後赴德留學。1988年逝世後，其著述彙集為《毛子水全集》。
本館所藏毛子水先生檔案，編號自001始，計共165號，每一號檔案一題名，檔案之性質有屬私人信函、文稿、照片、筆記本等。

梁思永檔案
梁思永生於1904年，廣東新會人。早年留學美國哈佛大學研究院攻讀考古學和人類學。1930年回國後，任職於本所考古組。曾首先確定仰韶、龍山和商文化之間的相對年代。1954年病逝。著有《梁思永考古論文集》等。
館藏梁思永先生檔案，編號自01始，計共101號，每一號檔案一題名，其性質多屬手稿、拓片、相片等。檔案內容則大部份為梁先生調查研究工作相關資料，另有少部份有與傅斯年、吳金鼎、石璋如等諸位先生往來信函。

王崇武檔案
王崇武生於1911年，河北省雄縣人。北京大學文學院畢業，於1937年入所擔任事務員一職，後任本所助理員、助理研究員，副研究員等職，其研究領域以明史為主，在本所所出版之專刊及集刊均有其重要著作，著有《明靖難史事考證稿》等專書及《明初之用兵與寨堡》等論文。
館藏王崇武先生檔案，編號自01始，計共81號，每一號檔案一題名，其內容除少數私人信函外，大部份為王崇武先生著作原稿及抽印本。

杭立武檔案
杭立武生於1902年，安徽滁縣人。畢業於金陵大學、英倫敦大學政經學院。1929年回國後任考試院編纂考選委員會編纂室副主任，金陵大學教授，此後數十年間，歷任管理中英庚款董事會總幹事等職。1991年逝世。著有《將來之大戰》等。
館藏杭立武檔案資料分裝成五個卷宗，共563件檔案。時間上從1946年一直到1950年，但間有幾篇不在這幾年內的書信。
1944年起，杭立武任教育部常務次長。1946年，他又任教育部政務次長。1948年，他當選為國民大會代表。1949年3月，他任教育部部長。未幾，隨政府播遷台灣。這一批資料，就是這一段時期中遺留下來的。
這一段時期，國共內戰爆發，最後是中國大陸易幟。在杭立武留下來的這一批檔案中，就有許多為這兵馬倥傯、時局紛擾的年代，留下了吉光片羽的史料。如安頓流亡學生，如安排故宮博物院文物運台事宜，如為蔣介石總統簡報說明國際局勢等等。其中有些史料還透露了別處不易得知的事情。如胡適在推辭外交部長職位時，談到「幾位最所愛敬的師友毅然推行新幣政策，竟致禍民誤國」，就透露了胡對王雲五推行金圓卷的看法（見第384件）。如章炳炎的信件裏，記黃霖生奉杭立武命赴穗，敦勸陳寅恪來台灣，「結果雖不圓滿，但已有線索。因在鐵幕內受片面宣傳影響，對赴台深躊躇，若來港或可能，但來港有何意義？生活如何？均須考慮者」（見第398件）。這是1950年年初的事。這一小條資料，使得我們得以窺見陳寅恪在這一個階段的政治態度。其他例子還有，不及一一備舉。(劉季倫)