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館藏精萃

甲骨拓本160冊：主要是何遂（1887-1941）、孫壯、施美士等諸名家暨本所之舊藏，現藏善本室。
金石拓片約40,000幅：以漢代畫象、佛教造象、漢至清代墓誌碑銘等居多；器物類全形拓1,397張，收錄1,587件器形，主要是吳式芬（1796-1856）、陳介祺（1813-1884）、羅振玉（1866-1940）、劉體智（1879-1962）、李宗侗（1895-1975）、柯昌泗（1899-1952）諸家之舊藏，現藏拓片室。
善本圖籍49,942冊（件），主要來源為：(1)民國23年（1934）院方撥存購自南京鄧邦述氏「群碧樓」藏書，共431種5,135冊；(2)民國35年（1946）教育部移交接收自日本北平東方研究所為編纂《續修四庫全書》所蒐之善本書15,000餘種，經本所張政烺等人就該批藏書挑出本所館藏未有或具史料價值著作1,300餘種，先運南京整理後遷臺；(3)購自江安傅增湘「藏園」部份藏書；(4)民國57年（1968）洽購李宗侗（玄伯）散出之善本書百餘種。
敦煌文獻：原件49件，含藏文9件、回鶻文1件及西夏文1件；另有日本東洋文庫複製大英博物館藏斯坦因所獲敦煌漢文卷子831冊及印度總督府圖書館藏敦煌集文97冊，均藏善本室。
宋元刊本80種：數量雖然不多，然均屬罕見傳本或孤本，故仍具有相當之重要性。如南宋蜀刊《南華真經》雖為殘卷，但屬海內外孤本，又可補充現今通行本之缺漏，實彌足珍貴；又宋書棚刊本《群玉集》、《碧雲集》亦為海內外所僅見。至於元刻本，如《重刊巢氏諸病源候總論》一書，亦屬罕見珍貴傳本。均藏善本室。
古本明人文集980種：156種是明版，266種是清版，558種購自日本東洋文庫、內閣文庫及京都大學文學部等處之紙燒本，分藏善本室及線裝書室。
名家手稿：王念孫（1744-1832）、焦循（1763-1820）、吳式芬（1796-1856）、許瀚（1797-1866）、李佐賢（1807-1876）、吳雲（1811-1883）、陳介祺（1813-1884）、王韜（1828-1897）、王懿榮（1845-1900）等名家文稿及手札等，現藏善本室。
臺灣史料：清乾隆間彩繪臺灣民番界址圖、番社采風圖，王世慶輯臺灣公私藏古文書影本10輯120冊。此外，如《臺灣番事》、《南島志》、《噶瑪蘭志略》等抄本，均為瞭解臺灣歷史、文化之重要史料，均藏善本室。
少數民族資料：仲、畬、苗、儸、擺夷及麼些等文書869件，藏文文書約200件，華南少數民族圖錄10種（如苗蠻圖、滇夷圖說、黎人風俗圖說等），均藏善本室。
古籍方志：約2,000種20,000冊，收錄歷代省路府廳州縣所修之志，分藏善本室及線裝書室。
俗文學資料約20,000目：分為戲劇、說唱、雜曲、雜耍、徒歌及雜著等六大類，現藏善本室。
檔案資料約50,000件：含束雲章(1886-1973)、丁文江（1887-1936）、毛子水（1893-1988）、傅斯年（1896-1950）、杭立武（1902-1991）、梁思永（1904-1954）、王崇武（1911-1957）、丘鎮英(1912-1963)等名人檔案及史語所檔案資料，現藏善本室。
西文善本書：約234種395冊，大抵為十九世紀西方舊籍，主為敘述中國、日本、韓國之歷史學著作，現藏善本室。

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